To dzięki danym przekazywanym międzynarodowej sieci badawczo-naukowej, na podstawie których możliwe było stworzenie genomicznej mapy pandemii, stale poszerzanej o kolejne sekwencje wirusa SARS-CoV-2. Wszystko po to, aby móc zbudować jak najpełniejszy obraz rozwoju pandemii, co w jeszcze większym stopniu usprawni leczenie pacjentów zakażonych COVID-19.
Mapa zamieszczona na stronie nextstrain.covidhub.psnc.pl/ncov/slaskie zawiera informacje dotyczące dynamiki przyrostu mutacji w czasie oraz ich rozmieszczenia geograficznego. Dane te umożliwią identyfikację genotypów wirusa SARS-CoV-2 występujących w populacji województwa śląskiego oraz ustalenie przebiegu COVID-19 na badanym terenie.
Jak czytać interaktywną mapę?
Po wejściu na stronę, pierwsze, co możemy dostrzec, to rozmieszczone na osi punkty identyfikujące każdą wykrytą sekwencję koronawirusa na terenie województwa śląskiego. Za wykrycie wszystkich sekwencji oznaczonych kolorem odpowiedzialne jest Laboratorium Genetyczne Gyncentrum.
– Uzyskane w naszym laboratorium wyniki na bieżąco zasilają bazę Nextstrain i stanowią podstawę do budowania interaktywnej mapy – mówi dr n. med. Emilia Morawiec, zastępca kierownika Laboratorium Genetycznego Gyncentrum. – Do tej pory wykazaliśmy m. in. występowanie uznawanych za niepokojące warianty alfa, gamma oraz dużą różnorodność wariantu delta.
Po najechaniu myszką na interesujący nas punkt, jesteśmy w stanie odczytać informacje na temat danej sekwencji. Dzięki mapie, którą czyta się od lewej strony (początek pandemii stanowiący początek badań) do prawej, możemy zobaczyć, w jakim tempie i na jaką skalę mutują wykryte już warianty wirusa. Widoczne drzewo filogenetyczne stale się rozrasta.
– W sumie przebadaliśmy już półtora tysiąca próbek pochodzących z różnych okresów rozwoju pandemii w Polsce – wymienia dr n. med. Emilia Morawiec. – Jest to dotychczas najbardziej reprezentatywne badanie nad genomem SARS-CoV-2 w kraju. W połowie grudnia planujemy przebadanie pod kątem sekwencji kolejnych 380 próbek pobranych w ostatnim okresie. To niezwykle ważne m. in. z powodu pojawienia się na świecie niepokojącej mutacji nazwanej omikron. Badania nad genomem SARS-CoV-2 są jedynym sposobem na szybką identyfikację nowych wariantów. Dzięki temu naukowcy zyskują czas, by lepiej przyjrzeć się nowemu przeciwnikowi i nauczyć się z nim skutecznie walczyć – dodaje.